Σχέδια του Γουναρόπουλου, υδατογραφίες του Γ. Λυδάκη, ελαιογραφίες της Πηνελόπης Διαμαντοπούλου και της Δώρας Μπούκη, έργα της Αθηνάς Σαριπόλου, γλυπτά και χαρακτικά βρίσκονται στη λίστα των απολεσθέντων έργων που κατήρτισε ο Δήμος Αθηναίων μετά την απογραφή που ξεκίνησε τον Γενάρη του 2012.
Αξίζει να σημειωθεί ότι στην παλιά Πινακοθήκη της οδού Πειραιώς είχε σημειωθεί απόπειρα διάρρηξης τον Φεβρουάριου του 2012, ενώ μέρος των απωλειών αποδίδεται στις μετακινήσεις που κατά καιρούς έχουν γίνει.
Σύμφωνα με την εφημερίδα Ελεύθερος Τύπος, ο Δήμος Αθηναίων φέρει την ευθύνη για περισσότερα από 3.000 έργα της Πινακοθήκης που σήμερα εδρεύει στο ανακαινισμένο κτίριο του Μεταξουργείου.