Σύμφωνα με την έρευνα οικονομικής αστυνομίας και δικαιοσύνης, η μη κυβερνητική οργάνωση έλαβε περίπου 9 εκατομμύρια ευρώ από τα κονδύλια του Υπουργείου εξωτερικών την περίοδο 2000 -2004, χωρίς να μπορεί να αποδείξει ότι τα χρήματα πήγαν στο σκοπό, για τον οποίο δόθηκαν, δηλαδή την υλοποίηση συνολικά οκτώ προγραμμάτων αποναρκοθέτησης σε Βοσνία, Λίβανο και Ιράκ.
Τα στελέχη της ΜΚΟ, χρησιμοποιώντας διάφορα τεχνάσματα, εμφάνιζαν ως δήθεν δωρεές προς την οργάνωση χρήματα που υποτίθεται ότι είχαν νωρίτερα διαθέσει ως αμοιβές σε αλλοδαπούς εργαζομένους στα προγράμματα. Τα συγκεκριμένα ποσά δεν καταχωρίζονταν στα λογιστικά βιβλία της οργάνωσης.
Μετά τις αποκαλύψεις σχηματίστηκε δικογραφία κακουργηματικού χαρακτήρα σε βάρος οκτώ εμπλεκομένων, ενώ ο ιθύνων νους και πρόεδρος της Μη Κυβερνητικής Οργάνωσης, Κώστας Τζεβελέκος, έχει προφυλακιστεί.
Ο Κωνσταντίνος Τζεβελέκος παραδόθηκε στην ανακρίτρια που έχει αναλάβει τη διερεύνηση της υπόθεσης τη 12η Φεβρουαρίου, καθώς σε βάρος του εκκρεμούσε ήδη από τις 24/1 ευρωπαϊκό ένταλμα σύλληψης. Σε βάρος των υπολοίπων επτά κατηγορουμένων ασκήθηκε δίωξη σε βαθμό κακουργήματος για τα αδικήματα της ψευδούς βεβαίωσης και της απιστίας σχετικά με την υπηρεσία.
Στην υπόθεση εμπλέκονται κορυφαίοι συνταξιούχοι και εν ενεργεία διπλωματικοί υπάλληλοι, μεταξύ των οποίων, ο Άλεξ Ρόντος, στενός συνεργάτης του πρώην πρωθυπουργού, Γιώργου Παπανδρέου.
Ωστόσο, με ανακοίνωση του γραφείου Τύπου του Γιώργου Παπανδρέου, ο πρώην πρωθυπουργός υποστηρίζει ότι εκτίθενται όσοι προσπαθούν να τον εμπλέξουν και ότι ο ίδιος έβαλε τάξη στις μη κυβερνητικές οργανώσεις.
Μέρος των κονδυλίων που εκταμιεύονταν προς την ΜΚΟ ξοδευόταν για αγορές από σούπερ μάρκετ, γεύματα σε εστιατόρια κ.ά. Είναι χαρακτηριστικό ότι ο πρόεδρος της ΜΚΟ απέκτησε μέσα σε διάστημα τεσσάρων ετών τέσσερα ακίνητα σε Αμπελοκήπους και Ρόδο, ενώ φέρεται να έμενε με την οικογένειά του σε μεζονέτα αντί ενοικίου 5.000 ευρώ.
Σε βίντεο-ντοκουμέντο από τον Δεκέμβριο του 2002, η κάμερα του ΑΝΤ1 κατέγραψε ίσως τη μοναδική «αποναρκοθέτηση» στην περιοχή Ναμπατίγια του Νοτίου Λιβάνου, από την περιβόητη «χρυσή» Μη Κυβερνητική Οργάνωση, «αποναρκοθέτηση μόλις ενός τετραγωνικού μέτρου, η οποία πραγματοποιήθηκε, προφανώς για να ρίξει στάχτη στα μάτια του τότε υφυπουργού Εξωτερικών Ανδρέα Λοβέρδου, ο οποίος επισκεπτόταν επισήμως την χώρα για επαφές με τον Πρόεδρο Χαρίρι.