Το 2008 η πολιτική ζωή συνταρασσόταν από τις καταγγελίες για την υπόθεση των ανταλλαγών της Μονής Βατοπαιδίου. Η Μονή με χρυσόβουλα διεκδικούσε την κυριότητα της Λίμνης Βιστωνίδας και των παραλίμνιων εκτάσεων. Υπό τις αντιδράσεις των αγροτών και ψαράδων της περιοχής, το 2005 το ελληνικό Δημόσιο προσφέρει σε αντάλλαγμα στη Μονή Βατοπαιδίου οικόπεδα 8.600 στρεμμάτων στην Ουρανούπολη και δύο κτίρια του Δημοσίου.
Το ΠΑΣΟΚ μιλά για σκάνδαλο και μεγάλη ζημία του Δημοσίου στοχοποιώντας τον Πέτρο Δούκα γιατί αποδέχτηκε γνωμοδότηση του νομικού συμβουλίου του κράτους να παραιτηθεί το δημόσιο από τον δικαστικό αγώνα για την κυριότητα της Βιστωνίδας, τους Μπασιάκο και Κοντό που ήταν τότε στο υπουργείο Αγροτικής Ανάπτυξης, τους Ρουσόπουλο και Αγγέλου που ήταν προσκυνητές στην Ι.Μ. Βατοπαιδίου και τον Γιώργο Βουλγαράκη γιατί η σύζυγός του ήταν η συμβολαιογράφος της Μονής στις ανταλλαγές.
Ο τότε πρωθυπουργός Κώστας Καραμανλής μίλησε για σκευωρία και ανέλαβε την πολιτική ευθύνη για τυχόν αστοχίες κρατικών υπαλλήλων. Συστήνονται τότε δύο εξεταστικές επιτροπές που καταλήγουν σε πολιτικές ευθύνες και μια προανακριτική που παραπέμπει στο δικαστικό συμβούλιο Μπασιάκο, Κοντό και Δούκα. Το Πενταμελές Δικαστικό Συμβούλιο όμως αποφάσισε ομόφωνα ότι τυχόν αδίκημα για τους τρεις πρώην υπουργούς της ΝΔ, έχει παραγραφεί.
"Η σημερινή απόφαση της ελληνικής Δικαιοσύνης αποκαλύπτει το μέγεθος της αθλιότητας στην υπόθεση Βατοπαιδίου" δήλωσε ο Κώστας Καραμανλής και πρόσθεσε: "αποκαλύπτει τις μεθοδεύσεις που μετήλθαν ύποπτα και ταπεινά συμφέροντα, ιδιωτικά και μικροπολιτικά, για να σκηνοθετήσουν τη σκευωρία. Ο στόχος προφανής: Να πληγεί με κάθε τρόπο η τότε κυβέρνηση. Συκοφαντώντας, σπιλώνοντας, ταλαιπωρώντας για χρόνια αθώους ανθρώπους και τις οικογένειές τους. Ζημιώνοντας τη χώρα σε μια ιδιαίτερα κρίσιμη χρονική περίοδο".
Δικαιωμένος δήλωσε και ο Γιώργος Βουλγαράκης. «Δεν υπήρξε ποτέ στο παρελθόν τέτοιος κανιβαλισμός εις βάρος πολιτικού και της οικογένειας του, παρά το ότι γνώριζαν όλοι πάρα πολύ καλά, ότι πίσω από τις κατηγορίες δεν υπήρχε η παραμικρή σκιά (...) Η παράταξη που υπηρέτησα χρόνια, όμως , υπήρξε πάντα φοβική και ενοχική. Δε στήριξε ποτέ τους ανθρώπους της ακόμα και αν ήξερε την αλήθεια» τόνισε ο ίδιος.
Για δικαίωση της κυβέρνησης Καραμανλή κάνει λόγο η ΝΔ. «Η σημερινή απόφαση της Δικαιοσύνης για την υπόθεση του Βατοπαιδίου δικαιώνει την Κυβέρνηση του Κώστα Καραμανλή και τη Νέα Δημοκρατία, που αβάσιμα κατηγορήθηκαν και άδικα συκοφαντήθηκαν. Εκθέτει, ταυτόχρονα, όσους επιχείρησαν να ποινικοποιήσουν την πολιτική ζωή με άθλια κατασκευάσματα», τόνισε η ΝΔ.
Με υπαινιγμούς υποδέχτηκαν την απόφαση της Δικαιοσύνης Γιώργος Παπανδρέου και ΠΑΣΟΚ. «Να επισημάνουμε στον κ. Καραμανλή ότι οι «παραπλανηθέντες Υπουργοί» του, με τη σημερινή δικαστική απόφαση παύουν να θεωρούνται «παραπλανημένοι», αφού το Δικαστήριο απεφάνθη ότι οι κατηγορούμενοι - υπάλληλοι «εκτελούσαν κυβερνητικές εντολές» της δικής του δηλαδή κυβέρνησης» τονίζει το ΚΙΔΗΣΟ.
«Το μπαράζ εξεταστικών για όλους τις χρονικές περιόδους πλην αυτής του Κ. Καραμανλή, επιβεβαιώνει ότι η δεξιά φιλική εταιρεία δεν είναι τόσο μυστική. Τέλος, η απορία εκατομμυρίων Ελλήνων λύθηκε: ο Κ. Καραμανλής μιλάει. Όχι για το διπλασιασμό των χρεών και το έλλειμμα 35 δις ευρώ, αλλά για το Βατοπαίδι» σχολίασε το ΠΑΣΟΚ.
Συγκινησιακά φορτισμένα τα μηνύματα της Ντόρας Μπακογιάννη και του Βαγγέλη Μεϊμαράκη για τον Γιάννη Αγγέλου που πέθανε πέρυσι και είχε με αμετάκλητο βούλευμά του Αρείου Πάγου απαλλαγεί από όλες τις κατηγορίες για την υπόθεση:
Από πλευράς του ο Απόστολος Τζιτζικώστας τόνισε ότι η σημερινή απόφαση της δικαιοσύνης αποτελεί ισχυρό ράπισμα σε όλους εκείνους που χρησιμοποιούν τη λάσπη ως πολιτικό εργαλείο, μόνο και μόνο για να εξυπηρετήσουν υπόγεια πολιτικά συμφέροντα
«Η κυβέρνηση ΣΥΡΙΖΑΝΕΛ ξέρει να προφυλάσσει τους δικούς της ανθρώπους. Θα μου πείτε οι κυβερνήσεις δεν μπορούν να παρεμβαίνουν στο έργο της δικαιοσύνης. Η δικαιοσύνη είναι ανεξάρτητη. Ναι, βεβαίως αλλά όχι τελείως. Έτσι λοιπόν και οι Βατοπαιδινοί όχι απλώς αθωώθηκαν αλλά ευλογήθηκαν κιόλας» σχολίασε ο βουλευτής του Ποταμιού, Γρηγόρης Ψαριανός.