Σοβαρά εξετάζεται το ενδεχόμενο η βύθιση του «Αγία Ζώνη ΙΙ» να οφείλεται σε βόμβα ή άλλο εκρηκτικό μηχανισμό, όπως αναφέρεται στο πόρισμα 300 σελίδων του Εργαστηρίου Ναυπηγικής και Τεχνολογίας του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου, που επικαλούνται «Τα Νέα».
Στο πόρισμα που συντάχθηκε, έπειτα από εισαγγελική παραγγελία, ύστερα από εννέα επιθεωρήσεις στο «Αγία Ζώνη ΙΙ», ερευνάται αναλυτικά αν το ρήγμα των 2-3 μέτρων στα ύφαλα του πλοίου σχετίζεται με πιθανή έκρηξη, άγνωστου μηχανισμού.
Αυτά τα στοιχεία φέρεται ότι ανακύπτουν από την ανάλυση της στρέβλωσης και της παραμόρφωσης των μεταλλικών ελασμάτων στον χώρο του ρήγματος και από άλλα ευρήματα.
Από την άλλη πλευρά, ωστόσο, δε φαίνεται να έχουν εντοπιστεί ίχνη πυρίτιδας ή εκρηκτικού μηχανισμού, κάτι που ίσως αποδίδεται στην πολύμηνη βύθιση του πλοίου.