Tην απόκτηση του Γιάννη Αθηναίου για ένα χρόνο ανακοίνωσε η ΚΑΕ Παναθηναϊκός. Ο 31χρονος γκαρντ ξεκίνησε το μπάσκετ από τα τμήματα υποδομής του Ποσειδώνα Νέου Ψυχικού και υπέγραψε το πρώτο του επαγγελματικό συμβόλαιο το 2006 με την ομάδα του Ηλυσιακού, όπου και παρέμεινε για μία τριετία (2006-2009), πριν μετακομίσει στον Πανιώνιο το καλοκαίρι του 2009.
Το 2011 συμφώνησε να συνεχίσει την καριέρα του στον ΚΑΟΔ ως δανεικός από τον Πανιώνιο, ενώ το 2012 επέστρεψε στην ομάδα της Νέας Σμύρνης. Το καλοκαίρι του 2013 ο Αθηναίου μετακινήθηκε στον Άρη όπου είχε 22 συμμετοχές στο πρωτάθλημα μετρώντας κατά μέσο όρο 13.4 πόντους, 2.4 ριμπάουντ και 3.3 ασίστ.
Η εξαιρετική του σεζόν με τους «κίτρινους» τον έφερε στο φινάλε της σεζόν 2013/2014 στην Αρμάνι Μιλάνο Ακολούθησε η τουρκική Εσκισεχίρ, στην οποία αγωνίστηκε στο ξεκίνημα της σεζόν 2014/2015 πριν «μετακομίσει» στην ΑΕΚ όπου και παράμεινε μέχρι το τέλος της σεζόν. Επόμενος «σταθμός» της καριέρας του ήταν ο Ολυμπιακός με τη φανέλα του οποίου αγωνίστηκε για δύο χρόνια και το 2016 κατέκτησε μάλιστα το πρωτάθλημα Ελλάδος.
Το 2017 αγωνίστηκε στον Άρη, ενώ τη σεζόν 2018/2019 έπαιξε στον ΠΑΟΚ και στη γαλλική Φος Προβάνς. Ο Γιάννης Αθηναίου είναι εν ενεργεία στέλεχος της εθνικής ανδρών, ενώ ήταν εκ των πρωταγωνιστών στα προκριματικά του Παγκοσμίου Κυπέλλου, έχοντας 8.4 πόντους, 2.6 ασίστ και 1.6 ριμπάουντ κατά μέσο όρο.
Αθηναίου: θα δώσω τον καλύτερο μου εαυτό για την ομάδα
Στις πρώτες του δηλώσεις ως παίκτης του Παναθηναϊκού ο Γιάννης Αθηναίου τόνισε στο επίσημο site της ΚΑΕ Παναθηναϊκός, «αισθάνομαι πολύ χαρούμενος που αποτελώ μέλος της τεράστιας οικογένειας του Παναθηναϊκού. Θα ήθελα να ευχαριστήσω τόσο τον κόουτς, όσο και τον πρόεδρο για την εμπιστοσύνη που έδειξαν προς το πρόσωπό μου και μου έδωσαν μια θέση σε αυτή την σπουδαία ομάδα. Υπόσχομαι πως θα κάνω τα πάντα για να τους δικαιώσω».
Αναφορικά με τους στόχους του ο διεθνής γκαρντ είπε, «οι προσωπικοί μου στόχοι συμβαδίζουν με αυτούς της ομάδας, οι οποίοι είναι πάντοτε πολύ υψηλοί. Τόσο εγώ προσωπικά όσο και όλοι όσοι βρισκόμαστε στον Παναθηναϊκό είμαστε συνειδητοποιημένοι σχετικά με το επίπεδο και τις απαιτήσεις αυτής της ομάδας. Είμαστε υποχρεωμένοι να δίνουμε το 100% σε κάθε προπόνηση και σε κάθε αγώνα ώστε να κατακτήσουμε τίτλους».
Σχετικά με το επίπεδο της ομάδας τη νέα σεζόν σημείωσε ότι, «θεωρώ πως είναι ιδιαίτερα υψηλό το επίπεδο. Η ομάδα ενισχύθηκε με παίκτες ποιοτικούς και ταυτόχρονα πολύ έμπειρους. Αποκτήθηκαν αθλητές με προσωπικότητα και ταλέντο και προστέθηκαν στους ήδη υπάρχοντες. Το ζητούμενο είναι να δέσουμε ως σύνολο βάσει της φιλοσοφίας του κόουτς Πεδουλάκη, ο οποίος έχει την εμπειρία να το πετύχει το συντομότερο δυνατό».
Ο Γιάννης Αθηναίου βρίσκεται στην προεπιλογή της Εθνικής Ομάδας εν όψει του Παγκόσμιου πρωταθλήματος μαζί με τους άλλους «πράσινους» διεθνείς, τους Νικ Καλάθη, Ιωάννη Παπαπέτρου, Γιώργο Παπαγιάννη και Ντίνο Μήτογλου. «Έχω μιλήσει με τους συμπαίκτες μου στον Παναθηναϊκό, με τους οποίους γνωριζόμαστε χρόνια και έχουμε εξαιρετική σχέση, όπως άλλωστε και με όλα τα υπόλοιπα παιδιά στην Εθνική. Το κλίμα μεταξύ μας είναι εξαιρετικό. Προετοιμαζόμαστε σκληρά ώστε η ομάδα να παρουσιαστεί πανέτοιμη στην Κίνα. Θεωρώ πως είμαστε σε πολύ καλό δρόμο και πως έχουμε όλα τα φόντα να φτάσουμε ψηλά».
Κλείνοντας τις δηλώσεις του θέλησε να στείλει το δικό του μήνυμα στους φίλους του Παναθηναϊκού. «Αυτό που μπορώ να τους υποσχεθώ είναι πως θα δώσω τον καλύτερό μου εαυτό προκειμένου να βοηθήσω την ομάδα να πετύχει τους στόχους της. Είμαι βέβαιος πως θα μας υποστηρίξουν ένθερμα, όπως άλλωστε κάνουν πάντα. Ανυπομονώ να αγωνιστώ σε ένα γεμάτο ΟΑΚΑ».