Χιλιάδες πιστών από όλη την Κρήτη προσήλθαν και το Σάββατο στον Αγιο Μηνά για να προσκυνήσουν το σκήνωμα του Μακαριστού Αρχιεπισκόπου Κρήτης Κυρού Τιμοθέου, που κηδεύθηκε το πρωί του Σαββάτου.
Σύμφωνα με το πρωτόκολλο μίλησαν οι εκπρόσωποι των Εκκλησιών, ενώ τον επικήδειο εκφώνησε ο τοποτηρητής της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Κρήτης, Μητροπολίτης Κυδωνίας και Αποκορώνου, Ειρηναίος.
Επίσης αποχαιρετισμούς απεύθηναν, ο εκπρόσωπος της κυβέρνησης, ο Περιφερειάρχης Κρήτης Σεραφείμ Τσόκας, ο Νομάρχης Ηρακλείου Δημήτρης Σαρρής και ο Δήμαρχος Γιάννης Κουράκης.
Μετά το πέρας της ακολουθίας έγινε εκφορά του σκηνώματος του Μακαριστού Αρχιεπισκόπου στους κεντρικούς δρόμους της πόλης, συνοδεία της φιλαρμονικής μπάντας του Δήμου Ηρακλείου, στρατιωτικών αγημάτων, ιεραρχών, κλήρου και λαού.
Η εκφορά έγινε επάνω σε κιλλίβαντα πυροβόλου όπλου, που κατέληξε στο άγαλμα του Ελευθερίου Βενιζέλου όπου και αποδόθηκαν τιμές στον εκλιπόντα, με ευθύνη του στρατού.
Στη συνέχεια το σκήνωμα μέσω αυτοκινητοπομπής οδηγήθηκε στο Ησυχαστήριο της Αγίας Φωτεινής στα Ελληνοπεράμματα, όπου έγινε ο ενταφιασμός, σύμφωνα με την έγγραφη επιθυμία του Μακαριστού Αρχιεπισκόπου Κρήτης Τιμοθέου.
Ο πρωθυπουργός Κώστας Καραμανλής, για την εκδημία του Αρχιεπισκόπου Κρήτης Τιμοθέου, απέστειλε προς την Ιερά Επαρχιακή Σύνοδο της Εκκλησίας Κρήτης συλλυπητήριο τηλεγράφημα, στο οποίο αναφέρεται: "Πληροφορηθείς με βαθύτατη λύπη περί της εις Κύριον εκδημίας του Αρχιεπισκόπου Κρήτης κυρού Τιμοθέου, εξόχου Ποιμενάρχου, υποδειγματικού ήθους, σεμνότητος και προσφοράς, ο οποίος ανάλωσε εαυτόν με ανιδιοτελή αφοσίωση υπέρ της Εκκλησίας και του Ποιμνίου του, καταλιπών σημαντικότατο φιλανθρωπικό έργο, εκφράζω τα θερμότατα συλλυπητήριά μου προς το Οικουμενικό Πατριαρχείο, την Ιερά Επαρχιακή Σύνοδο Κρήτης, το θεοφιλές Ποίμνιο και τους οικείους του".