Βήμα πίσω δεν κάνει ο Νίκος Φίλης υψώνοντας το λάβαρο του πολέμου απέναντι στην εκκλησία, που αντιδρά στις αλλαγές στο μάθημα των θρησκευτικών.
Ο υπουργός Παιδείας, ο οποίος έλαβε την επιστολή του Αρχιεπισκόπου Ιερώνυμου, απέφυγε να την σχολιάσει, λέγοντας πως δεν τη διάβασε και διεμήνυσε πως οι αλλαγές θα προχωρήσουν, παρά τις αντιδράσεις κάποιων έξαλλων, γιατί είναι ώριμες.
Έχοντας την κάλυψη του πρωθυπουργού, ο Νίκος Φίλης αναρωτήθηκε «τι θα πει η εκκλησία αντιδρά;». Και συνέχισε: «Δεν είναι η πρώτη φορά που αντιδρά, όταν είναι ώριμες οι αλλαγές θέλει να έχει λόγο και αντιδρά», είπε και πρόσθεσε πως θα προχωρήσει παρά τις αντιδράσεις κάποιων «έξαλλων».
Κατά την άποψή του δεν πρόκειται για σύγκρουση πολιτείας - εκκλησίας, γιατί έτσι δεν κερδίζει καμία πλευρά. «Τα θρησκευτικά επιβάλλεται να είναι μάθημα γνώσης όλων των θρησκειών και να γίνεται με σύγχρονες μεθόδους και δεν είναι δυνατόν να μετατρέπεται σε άμβωνα ή τάξη», είπε.
Με επιστολή του προς τον πρωθυπουργό Αλέξη Τσίπρα αλλά και τους πολιτικούς αρχηγούς ο Αρχιεπίσκοπος Αθηνών Ιερώνυμος άσκησε νωρίτερα αυστηρή κριτική στον υπουργό Παιδείας για τη στάση του απέναντι στην Εκκλησία. «Άραγε στην δημοκρατική μας πατρίδα έχει χώρο η λουδοβίκεια άποψη ότι Πολιτεία είναι μόνο ο Υπουργός;», αναρωτιέται ο Αρχιεπίσκοπος και τονίζει πως «η Εκκλησία δεν κρύβεται πίσω από το Σύνταγμα, η σχέση του ελληνικού Λαού με την ορθόδοξη πίστη είναι ενεργό συλλογικό βίωμα με ιστορικό βάθος, για το οποίο οι κληρικοί είμαστε κυρίως υπεύθυνοι και δεν επιβάλλεται εξουσιαστικά από νομικούς κανόνες».
Σε προσωπικούς τόνους κινήθηκε στη δευτερολογία του ο Νίκος Φίλης κατά την προ ημερησίας διατάξεως συζήτηση στη Βουλή για την Παιδεία. Με αφορμή την αποστροφή του προέδρου της ΝΔ Κυριάκου Μητσοτάκη ότι επανέφερε τους λεγόμενους αιώνιους φοιτητές στα μητρώα των πανεπιστημίων επειδή ο ίδιος είναι αιώνιος φοιτητής, ο υπουργός Παιδείας ανέφερε πως είναι γνωστό ότι δεν πήρε πτυχίο από τη Νομική, μολονότι είχε περάσει από τους πρώτους, για προσωπικούς λόγους.
«Ο κ.Μητσοτάκης διακινεί μια φιλολογία περί αιώνιου φοιτητή. Δεν είμαι αιώνιος φοιτητής» σημείωσε ο Ν.Φίλης για να προσθέσει: «Δεν με μειώνει αυτό που κάνει παρότι το κάνει για να με προσβάλλει. Λυπάμαι που ο κ.Μητσοτάτης είναι ο υποκινητής αυτής της λάσπης που διακινείται εδώ και πάρα πολύ καιρό. Νομίζει ότι με αυτόν τον τρόπο μπορεί να στραπατσάρει το πρόσωπό μου, ή ακόμα χειρότερα το πρόσωπο της κυβέρνησης. Κρινόμαστε από το έργο μας και το ήθος μας. Δεν είμαι πριγκιπόπουλο, να με κρίνετε από αυτά που κάνω ως υπουργός και ως δημόσιο πρόσωπο» σημείωσε ο κ.Φίλης.
Ο υπουργός Παιδείας αναφέρθηκε και στον μητροπολίτη Αμβρόσιο και πιο συγκεκριμένα στο φυλλάδιο που έχει κυκλοφορήσει στην περιοχή της μητρόπολης Καλαβρύτων Αιγιαλίας όπου ο κ.Φίλης χαρακτηρίζεται «φίδι» όπως κατήγγειλε ο ίδιος. «Μου κάνει εντύπωση ότι ένα πρόσωπο που θα έπρεπε να είναι άνθρωπος της αγάπης έχει κυκλοφορήσει στην επαρχία του αυτό το φυλλάδιο, στο οποίο περιλαμβάνεται και ένα γνωμικό που λέει ότι όλοι οι χοντροί είναι βλάκες. Τόσο απλά, τόσο χριστιανικά. Τόσο προσβλητικά όχι για μένα αλλά για εκατοντάδες χιλιάδες συμπολίτες μας που είναι υπέρβαροι, για τόσους ανθρώπους που έχουν υπνική άπνοια όπως εγώ. Δεν πιστεύω ότι θίγει εμένα προσωπικά. Θίγει την Εκκλησία» τόνισε ο υπουργός Παιδείας υπογραμμίζοντας ότι αναμένει την καταδίκη από τη διοίκηση της Εκκλησίας. «Ευτυχώς ο Θεός, μακρόθυμος και πολυέλεος, δεν ακούει τους Αμβρόσιους» είπε ακόμη με αφορμή τις καμπάνες που χτύπησαν πένθιμα αναγγέλλοντας, όπως είπε, τον θάνατό του».
Ιδιαίτερη αναφορά έκανε ο υπουργός Παιδείας και στις δηλώσεις του για τον ρόλο της Εκκλησίας στη διάρκεια της κατοχής και της δικτατορίας σημειώνοντας ότι αυτές είχαν στόχο συγκεκριμένους ιεράρχες και όχι το σύνολο της Εκκλησίας, η οποία αποτελείται επίσης από τους απλούς κληρικούς και τον λαό. Σημείωσε πάντως ότι στη διάρκεια της δικτατορίας οι περισσότεροι ιερείς συνεργάστηκαν με το καθεστώς κι ότι ήταν ελάχιστοι αυτοί που αντιστάθηκαν. «Η ιστορία δεν ξαναγράφεται» κατέληξε ο κ.Φίλης.